T.C Maliye Bakanlığı Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından 16/05/2003 tarih ve B.07.0.GEL.05,50/5038-195/20781 sayılı yazı ile 4842 sayılı Kanunla yapılan değişikliklerden sonra yatırım indirimi istisnasından yararlanan kazançlar üzerinden tevkif edilmesi gereken vergilerin ödenme süresi ile Kurumlar Vergisi Kanunu'nun Geçici 28'inci maddesinde yer alan istisna kazançlar üzerinden stopaj yapılıp yapılmayacağı hususuna ilişkin olarak aşağıdaki açıklamalarda bulunulmuştur.
Buna göre, 4842 sayılı Kanunla yapılan değişiklikle, kurumların istisna kazançları ile normal kazançları ayrımına son verilmiş, Gelir Vergisi Kaununu'nun 94'üncü maddesinin birinci fıkrasının (6) numaralı bendinin (b) alt bendi uyarınca yapılacak tevkifat da kazancın istisna olup olmadığına bakılmaksızın kar dağıtımına bağlı hale getirilmiştir.
4842 sayılı Kanunla getirilen yeni vergileme rejimi uyarınca, istisna kazançlar üzerinden prensip olarak tevkifat yapılmayacak ancak bu kazançların kar dağıtımına konu edilmesi halinde bu kar paylarına Gelir Vergisi Kaununu'nun 94/6-b maddesi uygulanacaktır. Dolayısıyla Gelir ve Kurumlar Vergisi Kanunları ile özel kanunlarında, Gelir Vergisi Kanununun 94'üncü maddesinin değişmeden önceki 6/b-ii bendine göre tevkifata tabi tutulması ön görülen istisna kazançlar üzerinden bu maddeye istinaden tevkifat yapılması söz konusu olmayacaktır.
Bu çerçevede Kuruamlar Vergisi Kanunu'nun Geçici 24 ve Geçici 28'inci maddelerinde düzenlenen ve tevkifat açısından Gelir Vergisi Kanunu'nun 94'üncü maddesine atıf yapılan istisna kazançlar üzerinden de tevkifat yapılmayacaktır. 4842 sayılı Kanunla getirilen vergileme rejimi, prensip olarak istisna kazançlar üzerinden tevkifat yapılmamasını öngörmekle birlikte aynı kanunla Gelir Vergisi Kanununa eklenen Geçici 61'inci madde ile yatırım indirimi istisnasından yararlanan kazançların vergilendirilmesine yönelik olarak özel bir düzenleme yapılmıştır.
Gelir Vergisi Kanunu'na 4842 sayılı Kanunla eklene Geçici 61'inci maddede, "Bu maddenin yürürlük tarihinden önce yapılan müracatlara istinaden düzenlenen yatırım teşvik belgeleri kapsamındaki yatırımlarla ilgili yatırım harcamalarına (teşvik belgelerine bu tarihten sonra ilave edilen iktisadi kıymetler için yapılan harcamalar hariç) yatırım indirimi uygulamasına ilişkin olarak Gelir Vergisi Kanununun bu tarihten önce yürürlükte bulunan hükümleri uygulanır.
Yukarıda belirtile şekilde yatırım indirimi istisnasından yararlanan kazançlar ile bu maddenin yürürlük tarihinden önce gerçekleşen yatırımlar üzerinden hesaplanan ve kazancın yetersiz olması nedeniyle sonraki dönemlere devreden yatırım indiriminden yararlanan kazançlar üzerinden dağıtılsın dağıtılmasın %19.8 oranında gelir vergisi tevkifatı yapılır..." hükmüne yer verilmiştir.
Buna göre, Geçici 61'inci madde kapsamında yararlanılan istisna tutarı üzerinden maddede öngörülen oranda tevkifat yapılması gerekmektedir. 80 seri numaralı Kurumlar Vergisi Genel Tebliği'nde de belirtildiği üzere, söz konusu tevkifat tutarı üzerinden ayrıca fon payı hesaplanmayacaktır.
Diğer taraftan, yararlanılan yatırım indirimi istisnası üzerinden yapılan tevkifatın 3 eşit taksitte ödenmesine imkan sağlayan ve 4842 saılı Kanun'la 01.01.2004 tarihinde yürürlükten kaldırılması öngörülen Gelir Vergisi Kanunu'nun 119'uncu maddesinin ikinci cümlesi 31.12.2003 tarihine kadar yürülükte bulunduğundan 2003yılında yatırım indirimi istsinasından yararlanan kazançların dağıtıma tabi tutulmamış olması şartıyla bu tevkifat 3 eşit taksitte ödenebilecektir.